По версии следствия, с помощью ООО «Дальняя степь» и «Сатурн инвестментс» Уильям Браудер пытался решить две задачи. Во-первых, обойти указ президента РФ от 1997 года «О порядке обращения акций “Газпрома”», запрещавший до 2006 года иностранным инвесторам напрямую покупать на внутреннем российском рынке акции газового монополиста. А во-вторых, уклониться от уплаты налогов с полученной прибыли.

Для этого Сергей Магнитский, по версии обвинения, предложил своему боссу Уильяму Браудеру зарегистрировать эти компании в свободной экономической зоне Калмыкии, а в их штат набрать инвалидов, что давало существенные налоговые льготы. Дело в том, что если в компании более половины сотрудников являлись инвалидами, она по закону получала 50-процентную льготу по уплате налога с прибыли в федеральный бюджет. Регистрация же в свободной экономической зоне Калмыкии полностью освобождала ООО от уплаты налога с прибыли в республиканский и муниципальный бюджеты. Таким образом, вместо 35% общий налог на прибыль составил лишь 5,5%.

Противозаконность подобной схемы, по версии обвинения, заключалась в том, что нанятые на работу в ООО инвалиды там лишь числились, не выполняя никакой работы и не получая зарплаты (при оформлении на работу они получили оговоренную сумму за использование их персональных данных). Кроме того, не было сделано и реальных инвестиций в свободную экономическую зону, что также являлось условием предоставления льгот по уплате налогов на прибыль в местный бюджет.

В результате суд закрыл дело в отношении Сергея Магнитского в связи с его смертью. Эта формулировка не является реабилитирующей. Уильям Браудер был приговорен к девяти годам колонии общего режима. Прокурор просил для него именно такой срок.